장애인 고용부담금, 세무처리 논란: 판례와 실무 포인트

안녕하세요.

세무처리에서 논란이 되고 있는 '장애인 고용부담금'에 대해 알아보려고 합니다.

2018년 기획재정부에서 장애인 고용부담금을 손금 불산입으로 처리한다는 예규를 발표했지만, 이후 2023년 서울행정원과 고등법원에서는 이 예규가 위법하다는 판결을 내렸습니다.

그럼에도 불구하고 2024년 현재까지 조세심판원은 기재부 예규를 따르며 장애인 고용부담금을 손금 불산입으로 판단하고 있습니다. 

이번 글에서는 이와 관련된 최신 판례와 실무적으로 유의해야 할 핵심 포인트를 정리해 드리겠습니다.

장애인 고용부담금이 무엇인지 먼저 살펴 보아요~

고용의무제도

월 평균 상시근로자를 50인 이상 고용하는 사업주는 소속 근로자 총수의 100분의 5 범위 안에서 대통령령으로 정하는 비율 이상에 해당하는 장애인 근로자를 의무적으로 고용하여야 합니다.

장애인 의무 고용률
기준연도		2020년	2021년	2022년	2023년	2024년
국가 및 지자체	공무원	3.40%	3.40%	3.60%	3.60%	3.80%
	비공무원	3.40%	3.40%	3.60%	3.60%	3.80%
공공기관		3.40%	3.40%	3.60%	3.60%	3.80%
민간기업		3.10%	3.10%	3.10%	3.10%	3.10%

 

 

부담금 기초액

부담기초액의 정의

장애인 고용에 필요한 시설·장비의 설치 및 수리, 장애인 고용 관리, 기타 장애인 고용에 특별히 소요되는 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 매년 고용노동부장관이 고시하는 부담금 산정의 기초가 되는 금액

부담금 가산제도

고용 의무의 이행 수준에 따라 전체 미달인원에 달리 정한 부담기초액을 일괄 적용해 부과

고용 수준별 부담기초액 및 가산율
고용 의무 이행 수준	부담기초액 (2024년 적용·2025년 신고)	가산율
의무고용인원의 3/4 이상 고용한 경우	1,237,000원	-
의무고용인원의 1/2~3/4에 미달하는 경우	1,311,220원	6% 가산
의무고용인원의 1/4~1/2에 미달하는 경우	1,484,400원	20% 가산
의무고용인원의 1/4에 미달하는 경우	1,731,800원	40% 가산
장애인을 한 명도 고용하지 않는 경우	2,060,740원	해당연도 최저임금

 

 

 

기획재정부 법인세제과-145, 2018.02.21→손금불산입

【질의】

(사실관계)

o 질의법인은 장애인고용법에서 정하는 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하여 장애인고용부담금을 납부하고 손익계산서상 세금과공과로 계상하였음.

(질의요지)

o 장애인고용부담금이「법인세법」제21조제5호에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금에 해당하는지 여부

 【회신】 

장애인고용부담금은 「법인세법」제21조 제5호에 따른 공과금에 해당되는 것임.

다만, 동 예규는 회신일 이후 장애인고용부담금을 신고ㆍ납부하여야 하는 분부터 적용하는 것임.

따라서 2018년 2월 이후 장애인고용부담금 손금불산입!

법인세법 제21조 【세금과 공과금의 손금불산입】 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.  5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

 

 

서울고등법원2023누45325, 2023.12.05→손금인정

(하급심 서울행정법원2022구합65757, 2023.05.02)

법인세 관계 법령의 개정 연혁을 보더라도, 1997. 12. 31. 개정 전 법인세법 시행령은 장애인 고용부담금을 손금산입하도록 명시적으로 규정하고 있었는데, 헌법재판소가, 공과금은 원칙적으로 손금산입하도록 규정하고 있음에도, 손금산입하는 공과금을 시행령에 열거적으로 규정하도록 위임한 것이 위헌이라는 결정에 따라, 손금불산입 대상인 공과금들을 모법에 포괄적 정의 규정의 형태로 열거하는 대신, 위 손금산입 규정을 시행령에서 삭제한 데 지나지 않고, 그 개정 전후 및 현재에 이르기까지 사회적인 변화나 정책적 전환 등으로 인해 장애인 고용부담금을 손금불산입할 필요성이 새로 생겼다거나, 법령 개정 또는 입법 과정에서 그에 대한 논의가 있었다고 보기 어려우며, 오히려 위 법령 개정 후 과세관청의 질의회신이나 하급심 판결(서울고등법원 2020. 1. 31. 선고 2019누35635 판결)을 보아도 장애인 고용부담금은 줄곧 손금산입하여 왔던 것으로 볼 수 있다.  

 

조심2024서0529, 2024.08.08→손금불산입 

공과금이 규정에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제ㆍ개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바, 장애인고용법에서 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부하도록 규정하고 있어, 이는 의무불이행에 대한 제재로서 규정에 정하는 손금불산입 대상 공과금에 해당한다고 보는 것이 합리적이라 할 것인 점.

 

 

결론적으로 장애인 고용부담금은

2018년 기획재정부 예규에 따라 손금 불산입으로 처리되어 왔습니다.

2023년 서울행정법원과 고등법원에서는 기재부 예규와 달리 이를 손금으로 인정한 판결을 내렸습니다.

그럼에도 불구하고, 고등법원 판결 이후에도 조세심판원에서는 2024년까지 줄곧 장애인 고용부담금을 여전히 손금 불산입으로 판단하고 있습니다.

또한 최종적으로 해당 개정안은 통과 되지 못하였지만, 장애인고용부담금의 경우 24년2월 법인세법시행령 개정시 손금불산입되는 것을 법령상 명확히 하려는 시도가 있었습니다.

 

현재 대법원의 최종 판단이 남아있지만,현 단계에서는 기재부 예규와 조세심판원의 입장에 따라 손금 불산입으로 세무처리하는 것이 가산세 부담을 줄이는 안전한 방법으로 보입니다.

향후 대법원의 판결이 손금 인정으로 확정될 경우, 손금 불산입으로 처리했던 장애인 고용부담금에 대해 경정청구를 검토하는 것이 바람직할 것입니다.